院本身就是庞大的文管机构，内阁有着一位总理和六位协理大臣，再加上各部尚书。其实理政院也有着一个类似于地方上的人委会的架子，一系列大学问家、前朝遗老都拥有给理政院递折子的权力，甚至协理大臣还会代表理政院专门召集这些名流们开会讨论一些事务。

从理政院的种种体制看，外界很多人都认为黄梨洲对于太子殿下的影响巨大。因为理政院设立了总理大臣，犹如黄宗羲谈设立宰相，实际上南明内阁的权力比黄宗羲谈的东西更大，也更为完善。黄宗羲也倡议“必使治天下之具皆出于学校”、“公其非是于学校”，这里的学校其实就有些类似于议会。理政院的备询体制，让人觉得与黄梨洲的“学校”，十分相似。

不过让外界觉得很诧异的是，太子并未重用黄宗羲。不像是顾炎武已经担任了应天府知府，王夫之担任了广东省国子监的副祭酒。黄宗羲身上没有一官半职，只不过以其声名，在帮助朝廷开办浙江大学。

对于有责任心和抱负的知识分子而言，现在的南明是最好的时代，政治清明、言路大开，若是有心力，可以施展的地方很多。不过对于带着东林遗风的那群人来说，这个时代最多只比满清强一丢丢，只是不用剃发易服而已。而他们的特权基本上已经不存在了，南明已经取消了所谓的功名，通过科举获得公务员身份之后，立即录用任职。没有了功名，那么延伸出来的不纳税一类经济特权也都没有了。对于工商的更多监管和发展，也使得江南豪族们对工商的垄断被打破。

不过历朝历代的大变局也都是如此，既得利益者被拉下马来，有冲劲的新兴阶层强势抬起。在南明，新兴的资产阶级正在以肉眼可见的速度快速成长着。