主角前往光之国时空，系统升级，新功能可以融合其他奥特曼的力量，接着主角伪装成雷奥尼克斯，进入盘龙号。

雷布郎多星人操控暗黑铠甲，主角赶紧使用迪迦和卡蜜拉的力量，双方进行激战，接着在雷和格朗迪帮助下，击败了雷布郎多星人。

主角追逐着能量源进入时空乱流，消灭了雷布郎多星人，将能量源收入格斗仪中，又来到了怪兽墓场，看到了贝利亚。

主角在冰封的光之国和赛文等人会和，接着和贝利亚展开格斗，后面赛罗及时赶到，击败了贝利亚。

贝利亚将怪兽全部融合，变成百体怪兽贝琉多拉，奥特曼联手却被重创，主角使用雷布郎多星人的卡片加上等离子火花的力量，操控怪兽，联手赛罗将其击败。

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光之国恢复如初，主角前往麦克斯时空，一来里看到了叶腐，并与叶腐激战，最后战败。

主角使用三位奥特曼的力量，将叶腐击败，并用治愈光线将叶腐驱逐，并获得了能量源。

主角回到光之国时空，在宇宙中游荡，并进入超银河外传的故事，击败了独眼赛罗，随后去寻找赛罗。

菲罗出现，占据了独眼赛罗的身体，并表示他的目标就是抹除主角，接着主角和赛罗联手迎战，最后主角超融合才将其消灭。

主角回到雷欧时空，不料却遭遇伏击，机械扎基出现并对主角下手，步美驾驶战机战斗却被击落，步美不知所踪。

主角体内的黑暗失控，变成黑暗巨人，与扎基激战，最后将其消灭，东京毁灭。

主角回到光之国，找到了奥特之王，得知真相要去其他宇宙寻找，并在奥特之王帮助下前往其他宇宙。

主角到达贝利统治的宇宙，进入了贝利亚银河帝国世界，在贝利亚军团中看到了机械扎基，并开始战斗，最后超融合变成无翼诺亚，将其消灭。

主角跟随赛罗等人到达地下神殿，得到了能量源，接着众人前往贝利亚老巢，展开决战。

菲罗找到主角，并和主角决斗，最终被主角击杀，接着主角再次超融合，变成诺亚。

这时，众人心里的光转化为巴拉吉之盾，诺亚借助主角的手将巴拉吉之盾交给赛罗，最终贝利亚被消灭。

主角和赛罗一起前往未知宇宙，在神殿里见到了和步美共生的波利多安，接着诺亚一族的王出现了，双方交战。

王吸收了所有机械扎基的力量，出现了机械的诺亚之翼，主角选择独自断后，让赛罗带着波利多安先走。

主角解放体内所有力量，奈克瑟斯的力量也从天而降，光与暗的力量聚集一起，进行究极超融合。

主角展开了诺亚之翼，二人进行决战，最终主角将黑暗诺亚消灭，因为两人的战斗导致超新星爆炸，宇宙崩毁。

主角用尽力量进入黑洞，到达盖亚时空，这时的主角失去了格斗仪和变身的力量。

主角见证了我梦变成盖亚，接着找回了格斗仪，并发现每次怪兽出现后都有天空之光找上自己，对自己进行补给。

主角准备消灭天界机械体，遭遇阿古茹阻止，一拳将其击退，随后消灭天界。

主角发现不断的参与战斗，就可以获得星球的认可，进行修复系统。

主角发现自己突破限制，融合了迪迦的光之力，接着处理完壬龙事件后，激活了高斯的光之力。

主角又激活了戴拿的光之力，接着和我梦还有藤宫一起变身，联手将反物质怪兽消灭。

主角融合了雷欧之光，阿古茹进化到V2，接着系统启动，主角得知能量源和其他物体都是进化仪破碎的一小部分。

巨兽佐利姆出现，主角和盖亚以及阿古茹一起联手将其消灭，