据刘玄、何芝贵的联合命令，水师船队在富春江上游弋，严防贼军过江。团练军、两淮军沿富春江，追击贼军主力，杭州守军直插余杭、于潜，防止贼军向天目山区逃窜。并传檄各州县，谕晓地方乡绅民勇，擒获贼首可得银若干，贼众又可得银若干。

不过两日，检得贼众首级一万九千颗，其中有神兵、红巾圣兵、持灯兵有一万四千余，还有不少估计是拼都拼不齐了，只好作罢。俘获贼众近二十万。贼首巫多宝、巫宝佛以下三百余贼首被执，更有两百余贼首被斩杀，以首级留档。彭明灯等少数贼首逃遁入严州，仅以身免。

停了三日，等到城外贼踪难觅，刘玄遣人向两浙布政使李秀其禀告，求入城。第三日，李秀其遣署理转运使卫仲凌、杭州通判署理知杭州事桂修文以及宁师道等人为代表，出迎刘玄、何芝贵、李纯臣、宁世衡、胡伯恩、贾政等得胜之师。

而在诸暨县城下，杭州大败的消息传来，贼军顿时炸了窝，潘籍、樊春霆、李续斌、姜忠源领兵出击，追杀了上百里，巫金刚等贼首数百人死于乱军，田七宝少数人遁逃无影。