总兵已占据播州宣慰使司天险之地；龙爪屯、海云屯、海龙屯，与各路明军合围，又破大城县，各路明将都聚集攻击海龙屯前阵。

唯独明贵州宣慰使兼贵州布政司左参议、怀远将军、定远侯安疆臣，在后方攻击，战局了四十多天相持不下。

其中贵州宣慰使司部众还接受播州宣慰使司叛军的重礼贿赂，偷偷地把明军火器辎重送给叛军。

此事被明湖广总镇总兵知晓后，当即就勒令明贵州宣慰使后撤三十里，湖广明军也转移到别处，并在距离海龙屯一丈多远的地方安置了一百多个铁牌，使叛军强劲的弓箭失去了作用。

还用竹子削成箭板安放在栅栏前面，使得叛军每天晚上出来作乱，都被竹箭板钉伤，于是不敢外出。

叛军首领杨应龙，也意识到了这种山穷水尽的地步，他和部下在一起哭泣，明湖广川贵总督则当即下令，让各路将领分开时间轮番进攻。

6月初5日，叛贼首领长子杨朝栋，等一百余人为明军俘获，部众二万余人被歼灭。

6月初6日，明湖广总镇总兵陈璘，明广东总镇总兵吴广，等将领一起进入海龙屯，明湖广总镇总兵在晚上四更时分让士兵含竹木片上山，趁匪徒熟睡之际，杀死守关的匪徒，树起白旗，鸣放大炮，匪徒惊慌逃窜。

关键时刻叛贼首领杨应龙，不愿意被俘，便与妻妾一起相继自杀，至此〖播州之乱〗被平定，此战前后花费白银；二、三百万两，将士们死伤不计其数，到此闻名东方的「万历三大征」正式结束。

随即明军调转兵峰直扑黎平府反贼。

10月13日，天皇上将吴国佐，在黎平府兵败被俘，斩其部众五百八十余人。

11月初2日，南北两京直隶以及各地承宣布政使司灾害严重，又苦增矿税，兵民多起为盗，因而有浙江承宣布政使司百姓赵一平，以妖术倡乱。

还大肆宣扬至南直隶徐州，遇到同党孟化鲸，等人联合起来招集众人，自称是；宋皇朝后裔，建立官署，拟于明年二月约集各方人马同时起事。

怎奈被南直隶南镇抚司锦衣卫队察觉，事情败露，赵一平被杀，其余同党未及起事而失败。

12月初3日，叛贼吴国佐，被贵州承宣布政使司衙门处以斩立决伏诛，明军又献俘叛军首领杨应龙，至京师由明神宗朱翊钧，下令碎尸万段，并斩叛军首领长子杨朝栋，及其家族党羽于京畿外城宣武门菜市口。

次年4月初6日，分四川承宣布政使司播州宣慰使司之地为遵义军民府首府威远卫，其治下为遵义县，另外还分一半领土划给了贵州承宣布政使司平越军民府，并改土官为流官，既；派遣汉人官员充任地方原本的土司家族职位，史称「改土归流」。

12月初5日，泰西国（意大利人）欧洲耶稣会传教士利玛窦，泛海八万里，来到东方亚洲大陆上的大明帝国，先后在广东承宣布政使司广州府、肇庆府、韶州府、南雄府，江西承宣布政使司南昌府、南直隶苏州府等地进行传教活动，并学习 大明江淮官话。

还广泛与大明地方官吏和士大夫接触，以了解大明帝国的国情和风俗礼仪。

之后由南直隶北上，在京畿北直隶天津卫居住了六个月，明天津卫税监马堂，向朝廷进贡泰西传教士利玛窦，所献方物，还奏报泰西传教士请求入京的消息。

谁知被大明礼部以《大明会典》不载大西洋，真伪不可知？以及泰西传教士所献之物不宜入宫中，请赐给冠带令其回国，不许在南北两京居住，务与大明汉人交往，别生事端。

然而明神宗却不纳，认为有趣特下诏准许泰西传教士入京。

明万历二十九年公元1601年正月初5日，辽东都指挥使司关外明建州左卫军民指挥使爱新觉罗·努尔哈赤（佟·努尔哈赤）亲率199位使臣带着